Markus Schlee vede od roku 1990 soukromou praxi specializovanou na parodontologii a implantologii v německém Forchheimu. Je kvalifikovaným specialistou v parodontologii (DGP) a implantologii (BDIZ a DGI). Je členem několika profesionálních společností, včetně Neue Gruppe, DGP, DGI, AAP, IADR, ECDI, DGÄZ a APW. V roce 2015 získal externí profesuru na Goethově univerzitě ve Frankfurtu a tuto afiliaci si pořád drží. Přednáší na magisterských programech na Goethově univerzitě ve Frankfurtu (MOI), DGI na Steinbeisově univerzitě v Berlíně, DGP na Drážďanské mezinárodní univerzitě a DGÄZ na Greifswaldské univerzitě. Má za sebou extenzivní národní i mezinárodní přednášky a publikace v oblasti parodontologie, implantologie, augmentace kostí u periimplantitidy, ošetření měkkých tkání, mikrochirurgie, piezochirurgie a estetiky.